„Архив на акад. Стоян Аргиров“ е една от първите колекции, създадени от Университетската библиотека. Основоположникът на българското библиотекознание Стоян Аргиров ръководи библиотеката в продължение на 36 години и я изгражда като културен и научен институт. Колекцията съдържа три подколекции, в които са представени негови публикации, ръкописи на лекции и лични фотографии.